石栗(Aleurites moluccana)是大戟科石栗属的常绿阔叶乔木, 具有能源、药用和观赏价值。为填补石栗叶绿体基因组研究的空白, 通过二代高通量全基因组测序, 组装和注释了石栗叶绿体基因组, 并进行基因组特征和系统发育分析。结果显示, 石栗叶绿体基因组为典型的四段式结构, 总长度为163 298 bp, LSC、SSC及IR的长度分别为91 301、18 501和26 748 bp。石栗叶绿体基因组共有131个基因, 包括8个rRNA基因, 37个tRNA基因, 86个蛋白质编码基因。研究发现145个SSR位点, 检测到重复单元有单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸, 数目分别为80、53、10和2个。共线性分析结果表明, 石栗叶绿体基因组存在基因倒位和重排现象。利用最大似然法和贝叶斯法构建了系统发育树, 显示石栗与油桐(Vernicia fordii)和东京桐(Deutzianthus tonkinensis)亲缘关系较近, 并形成姐妹群。利用化石时间进行定年分析, 表明石栗属、油桐属和东京桐属的分化时间为25.94 Ma (95% HPD: 24.71-63.32 Ma)。该研究丰富了石栗基因组信息, 可为石栗种质资源的开发利用提供基础遗传数据, 同时为石栗属物种鉴定及系统发育研究提供参考。