水稻条斑病抗性QTL的挖掘及相关基因的表达

doi:10.11983/CBB17250

植物学报 ›› 2018, Vol. 53 ›› Issue (4): 468-476.DOI: 10.11983/CBB17250

水稻条斑病抗性QTL的挖掘及相关基因的表达

马路, 方媛, 肖飒清, 周纯, 金哲伦, 叶雯澜, 饶玉春^*()

浙江师范大学化学与生命科学学院, 金华 321004

收稿日期:2017-12-18 接受日期:2018-02-22 出版日期:2018-07-01 发布日期:2018-09-11
通讯作者: 饶玉春
作者简介:† 共同第一作者。
基金资助:
国家转基因重大科技专项(No.2016ZX08009003003-008)、浙江省自然科学基金(No.LY16C130001)、浙江省育才工程(No.2017YCGC008)和浙江省大学生科技创新活动计划(新苗计划)

QTL Exploration of Bacterial Leaf Streak and Their Gene Expression in Rice

Ma Lu, Fang Yuan, Xiao Saqing, Zhou Chun, Jin Zhelun, Ye Wenlan, Rao Yuchun^*()

College of Chemistry and Life Sciences, Zhejiang Normal University, Jinhua 321004, China

Received:2017-12-18 Accepted:2018-02-22 Online:2018-07-01 Published:2018-09-11
Contact: Rao Yuchun
About author:† These authors contributed equally to this paper

摘要/Abstract

摘要： 条斑病是水稻(Oryza sativa)中的常见病害, 已经对我国粮食的高产稳产造成严重威胁。以典型籼稻台中本地1号与粳稻春江06的杂交F₁代花药培养双单倍体群体(DH)为材料, 用Xoc BLS256进行人工接菌, 对双亲及群体各株系的病斑长度进行测量和量化分析; 同时利用该群体业已构建的加密遗传图谱对病斑表型数据进行QTL作图分析。结果在水稻第2、4、5和8号染色体上共检测到4个效应值能区分开的QTL。对2号与5号染色体上2个较大的QTL区间内抗条斑病相关基因进行了表达分析, 结果表明这些基因在处理前后出现了不同程度的表达差异, 暗示这些基因可能是响应春江06与台中本地1号条斑病抗性差异的目标基因。研究结果为进一步克隆水稻条斑病抗性QTL奠定了重要基础。

关键词: 条斑病, QTL分析, 抗性, 水稻

Abstract: Bacterial leaf streak (BLS) is a common disease in rice and a serious threat to the high and stable production of China’s grain. We used a pair of typical indica TN1 and japonica CJ06 double haploid (DH) rice and inoculated them with Xoc BLS256, then measured and quantified the length of diseased plaques of parents and next generations. We used the molecular linkage map of this population for quantitative trait loci (QTL) mapping analysis. We found 4 QTLs that were able to distinguish the effect values located on chromosomes 2, 4, 5 and 8. We analyzed the expression of genes resistant to BLS in two large QTL intervals on chromosomes 2 and 5 and found that these genes had different degrees of expression before and after treatment. These genes might be the target genes responding to the difference in resistance to BLS of TN1 and CJ06. The results of this study lay a solid foundation for further cloning QTL for resistance to rice BLS.

Key words: bacterial leaf streak, QTL analysis, resistance, rice

马路, 方媛, 肖飒清, 周纯, 金哲伦, 叶雯澜, 饶玉春. 水稻条斑病抗性QTL的挖掘及相关基因的表达. 植物学报, 2018, 53(4): 468-476.

Ma Lu, Fang Yuan, Xiao Saqing, Zhou Chun, Jin Zhelun, Ye Wenlan, Rao Yuchun. QTL Exploration of Bacterial Leaf Streak and Their Gene Expression in Rice. Chinese Bulletin of Botany, 2018, 53(4): 468-476.

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图/表 8

参考文献 36

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Marker	Forward primer (5′-3′)	Reverse primer (5′-3′)
OsActin1	TGGCATCTCTCAGCACATTCC	TGCACAATGGATGGGTCAGA
LOC_Os02g10580	GGAGAGAGGCATCGTCAGTC	GCCGGAGGAGTAACCAAACA
LOC_Os02g11760	GACGGTCTTCCTGCGTACAA	CGAGCTCCGCAAATCCATTG
LOC_Os02g16250	GTACGGACAGAAGCCCATCAA	CACCCCTTCGAGCTACTGC
LOC_Os02g16540	GTACGGACAGAAGCCCATCAA	CACCCCTTCGAGCTACTGC
LOC_Os02g17190	CTGGAGCAACATCTGGCGAA	TATGGGCAACCTGAAGGAGG
LOC_Os02g18000	CGGGACATTGGAACCCTTCA	CAATGCGTCGTGTGATGGTC
LOC_Os02g18510	CCCTATGCTTCGACGGGTTT	GAGACCCACCAGTTTGTCGT
LOC_Os05g44400	TGTGCGAGCCGTATGAACAA	AAGGTCTCCTCGCCCATGTA

Marker	Forward primer (5′-3′)	Reverse primer (5′-3′)
OsActin1	TGGCATCTCTCAGCACATTCC	TGCACAATGGATGGGTCAGA
LOC_Os02g10580	GGAGAGAGGCATCGTCAGTC	GCCGGAGGAGTAACCAAACA
LOC_Os02g11760	GACGGTCTTCCTGCGTACAA	CGAGCTCCGCAAATCCATTG
LOC_Os02g16250	GTACGGACAGAAGCCCATCAA	CACCCCTTCGAGCTACTGC
LOC_Os02g16540	GTACGGACAGAAGCCCATCAA	CACCCCTTCGAGCTACTGC
LOC_Os02g17190	CTGGAGCAACATCTGGCGAA	TATGGGCAACCTGAAGGAGG
LOC_Os02g18000	CGGGACATTGGAACCCTTCA	CAATGCGTCGTGTGATGGTC
LOC_Os02g18510	CCCTATGCTTCGACGGGTTT	GAGACCCACCAGTTTGTCGT
LOC_Os05g44400	TGTGCGAGCCGTATGAACAA	AAGGTCTCCTCGCCCATGTA

Chromosome No.	QTL position (cM)	Marker interval	LOD score	Variation explained (%)	Additive effect	Dominant
2	41.5	RM145-RM521	3.1272	19.2549	-0.1729	2.6315
4	80	RM252-RM241	2.3362	10.1937	-0.3362	1.3523
5	106.6	RM6972-RM3321	2.4984	18.0963	0.18	-1.5646
8	11.5	RM6925-RM1235	2.5792	14.6327	-0.4059	-2.0904

Chromosome No.	QTL position (cM)	Marker interval	LOD score	Variation explained (%)	Additive effect	Dominant
2	41.5	RM145-RM521	3.1272	19.2549	-0.1729	2.6315
4	80	RM252-RM241	2.3362	10.1937	-0.3362	1.3523
5	106.6	RM6972-RM3321	2.4984	18.0963	0.18	-1.5646
8	11.5	RM6925-RM1235	2.5792	14.6327	-0.4059	-2.0904

Gene ID	Putative function	Gene ID	Putative function
LOC_Os02g10370	hrpN-interacting protein from Malus	LOC_Os02g17150	OsSub18-putative subtilisin homologue
LOC_Os02g11760	Pleiotropic drug resistance protein	LOC_Os02g17190	MYB family transcription factor
LOC_Os02g13890	FYVE zinc finger domain containing protein	LOC_Os02g17990	Leucine rich repeat family protein
LOC_Os02g15160	OsFBX40-F-box domain containing protein	LOC_Os02g18000	Disease resistance protein RGA2
LOC_Os02g15280	VQ domain containing protein	LOC_Os02g18140	NBS type disease resistance protein
LOC_Os02g15594	Protein phosphatase 2C	LOC_Os02g18410	Salt stress root protein RS1
LOC_Os02g15870	Molybdenu cofactor biosynthesis protein 1	LOC_Os02g18510	Stripe rust resistance protein Yr10
LOC_Os02g16070	Lr1 disease resistance protein	LOC_Os05g43820	Ras-related protein
LOC_Os02g16540	WRKY transcription factor	LOC_Os05g44550	Zinc finger family protein
LOC_Os02g16680	BZIP transcription factor	LOC_Os05g44770	Receptor-like protein kinase 5 precursor

水稻条斑病抗性QTL的挖掘及相关基因的表达

QTL Exploration of Bacterial Leaf Streak and Their Gene Expression in Rice

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Traits	Chr. No.	Materials	Marker interval	LOD score	Reference
Blast resistance	2	Double haploid population of ZYQ8/ JX17	CT87-G1234	5.11	Xu et al., 2004 (in Chinese)
Grain density	2	F₃ population derived from the cross of TY319 and 8B	RM12729-RM324	3.33	Han et al., 2017 (in Chinese)
Spike grain number	2	F₃ population derived from the cross of TY319 and 8B	RM12729-RM324	4.74	Han et al., 2017 (in Chinese)
Bacterial blight resistance	4	Lemont/Teqing cross introgression lines (ILs)	RM119-RM252	3.56	Zhou et al., 2012

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