园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用

植物学报 ›› 2005, Vol. 22 ›› Issue (04): 494-501.

园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用

^1,2 张长青^①
1 王进 ³ 李广平 ³ 章镇

1. ¹(南京大学生命科学学院医药生物技术国家重点实验室南京 210093)
2. ² (金陵科技学院园艺系南京 210038)
3. ³ (南京农业大学园艺系南京 210095)

收稿日期:2004-05-25 修回日期:2004-09-27 出版日期:2005-08-30 发布日期:2005-08-30
通讯作者: 张长青

Bioinformatics Resources for Molecular Breeding of Horticultural Plants

^1,2ZHANG Chang-Qing^①
1WANG Jin ³LI Guang-Ping ³ZHANG Zhen

1. ¹ (State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, School of Life Science, Nanjing University, Nanjing 210093)
2. ² (Department of Horticulture, Jinling Institute of Technology, Nanjing 210038)
3. ³ (School of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095)

Received:2004-05-25 Revised:2004-09-27 Online:2005-08-30 Published:2005-08-30

摘要/Abstract

摘要： 园艺植物分子育种中, 生物信息技术是一项新技术。GenBank、EMBL、DDBJ、Swiss-Prot等数据库及其序列查询系统、序列比对软件和序列提交软件是园艺植物分子育种中的重要生物信息资源。本文综述了这些生物信息资源, 以及它们在克隆新基因、预测新序列功能、鉴定种质资源和进行系谱分析等方面的应用。

关键词: 生物信息, 园艺植物, 分子育种, 数据库

Abstract: Bioinformatics technology is a new approach used in molecular breeding of horticultural plants. Many databases and tools of bioinformatics, such as GenBank, EMBL, DDBJ, and SWISSPROT, are important resources for molecular breeding research. Horticultural researchers often use these resources to predict the function of sequences of new nucleic acids or proteins, to produce phylogenetic trees, and to clone new genes. The paper reviews the main bioinformatics resources, including the important databases and frequently used service systems, and their applications in molecular breeding of horticultural plants.

Key words: Bioinformatics, Horticultural plants, Molecular breeding, Database

张长青王进李广平章镇. 园艺植物分子育种相关生物信息资源及其应用. 植物学报, 2005, 22(04): 494-501.

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[1]	邢超, 林依, 周智强, 赵联军, 蒋仕伟, 林蓁蓁, 徐基良, 詹祥江. 基于DNA条形码技术构建王朗国家级自然保护区陆生脊椎动物遗传资源数据库及物种鉴定[J]. 生物多样性, 2023, 31(7): 22661-.
[2]	周伯睿, 廖梦娜, 李凯, 徐德宇, 陈海燕, 倪健, 曹现勇, 孔昭宸, 许清海, 张芸, Ulrike HERZSCHUH, 蔡永立, 陈碧珊, 陈敬安, 陈陵康, 程波, 高洋, $\boxed{\hbox{黄赐璇}}$, 黄小忠, 李升峰, 李文漪, 廖淦标, 刘光琇, 刘平妹, 刘兴起, 马春梅, 宋长青, 孙湘君, 唐领余, 王曼华, 王永波, $\boxed{\hbox{夏玉梅}}$, 徐家声, 阎顺, 羊向东, 姚轶锋, 叶传永, 张志勇, 赵增友, 郑卓, 朱诚. 中国地层花粉数据集[J]. 植物生态学报, 2023, 47(10): 1453-1463.
[3]	张波, 任长忠. 燕麦基因组学与分子育种研究进展[J]. 植物学报, 2022, 57(6): 785-791.
[4]	徐聪, 张飞宇, 俞道远, 孙新, 张峰. 土壤动物的分子分类预测策略评估[J]. 生物多样性, 2022, 30(12): 22252-.
[5]	陈海燕, 徐德宇, 廖梦娜, 李凯, 倪健, 曹现勇, 程波, 郝秀东, 孔昭宸, 李升峰, 李小强, 刘光琇, 刘平妹, 刘兴起, 孙湘君, 唐领余, 魏海成, 许清海, 阎顺, 羊向东, 杨振京, 于革, 张芸, 张志勇, 赵克良, 郑卓, Ulrike HERZSCHUH. 中国现代花粉数据集[J]. 植物生态学报, 2021, 45(7): 799-808.
[6]	刘雪华, 张语克, 赵翔宇, 何祥博, 蔡琼, 朱云, 何百锁, 酒强. 秦岭中段野生动物多样性的红外相机监测数据库平台介绍[J]. 生物多样性, 2020, 28(9): 1075-1080.
[7]	万雅琼, 李佳琦, 杨兴文, 李晟, 徐海根. 基于红外相机的中国哺乳动物多样性观测网络建设进展[J]. 生物多样性, 2020, 28(9): 1115-1124.
[8]	赵宇慧, 李秀秀, 陈倬, 鲁宏伟, 刘羽诚, 张志方, 梁承志. 生物信息学分析方法I: 全基因组关联分析概述[J]. 植物学报, 2020, 55(6): 715-732.
[9]	王科,赵明君,苏锦河,杨柳,邓红,王永会,吴海军,李熠,吴红梅,卫晓丹,魏铁铮,蔡磊,姚一建. 中国菌物名录数据库在大型真菌红色名录编制中的作用[J]. 生物多样性, 2020, 28(1): 74-98.
[10]	李格,孟小庆,李宗芸,朱明库. 甘薯盐胁迫响应基因IbMYB3的表达特征及生物信息学分析[J]. 植物学报, 2020, 55(1): 38-48.
[11]	赖先军,张义正,古英洪,颜朗. 转昆虫抗冻蛋白基因增强甘薯抗冻能力[J]. 植物学报, 2020, 55(1): 9-20.
[12]	张雪, 李兴安, 苏秦之, 曹棋钠, 李晨伊, 牛庆生, 郑浩. 用于蜜蜂和熊蜂肠道微生物分类的细菌16S rRNA数据库优化[J]. 生物多样性, 2019, 27(5): 557-566.
[13]	程广前,贾克利,李娜,邓传良,李书粉,高武军. 石刁柏核质体DNA的生物信息学分析及染色体定位[J]. 植物学报, 2019, 54(3): 328-334.
[14]	杨德卫,王莫,韩利波,唐定中,李生平. 水稻稻瘟病抗性基因的克隆、育种利用及稻瘟菌无毒基因研究进展[J]. 植物学报, 2019, 54(2): 265-276.
[15]	刘魏, 童永鳌, 白洁. 水稻雄配子体发育过程中tRNA片段的生物信息学分析[J]. 植物学报, 2018, 53(5): 625-633.