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1. 基于分子数据的系统发生树构建

彭焕文, 王伟

植物学报 2023, 58 (2): 261-273. DOI: 10.11983/CBB22224
发布日期: 2022-11-15

摘要（814）

HTML （33）

PDF （2708KB）（2308）

系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科。随着测序技术、分析方法和计算能力的改进, 分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展。系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具。然而, 许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用, 一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视。该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法, 包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤。此外, 该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令, 以期为相关研究提供参考。

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2. 植物寡核苷酸荧光原位杂交技术方法

张凡凡, 邢新滢, 石文清, 沈懿, 程祝宽

植物学报 2023, 58 (2): 274-284. DOI: 10.11983/CBB22265
发布日期: 2023-01-10

摘要（407）

HTML （17）

PDF （933KB）（348）

寡核苷酸荧光原位杂交技术是一种整合了生物信息学分析、DNA高通量合成以及荧光原位杂交实验的新兴技术。该技术适用于任何具有参考基因组的植物物种, 并可根据研究需求设计靶向某个染色体区域、整条染色体或一组染色体的寡核苷酸探针, 目前已成功应用于数种植物的核型分析、染色体变异、种群演化、同源染色体配对、单倍型分析和异源多倍体识别等研究。该文详述了植物寡核苷酸探针的设计、扩增和标记、染色体制备以及荧光原位杂交的具体操作流程, 以期促进寡核苷酸荧光原位杂交技术在细胞遗传学研究中的应用。

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3. 植物蛋白质SUMO化修饰体外高效检测系统

黄俊文, 冯琦伊, 郑凯勇, 黄俊杰, 王林博, 赖瑞强, 赖建彬, 阳成伟

植物学报 2022, 57 (4): 490-499. DOI: 10.11983/CBB22080
发布日期: 2022-06-28

摘要（647）

HTML （29）

PDF （1064KB）（587）

蛋白质SUMO化修饰是一种调控蛋白命运的关键修饰方式, 广泛参与植物生长发育及逆境胁迫响应。SUMO化修饰过程主要由激活酶(E1)-结合酶(E2)-连接酶(E3)组成的级联酶促反应催化, 其关键酶组分将SUMO分子缀合至底物蛋白的赖氨酸残基, 形成共价异肽键以完成SUMO化修饰过程。该文报道了1种植物蛋白质SUMO化修饰体外高效检测系统, 通过在大肠杆菌(Escherichia coli)中构建拟南芥(Arabidopsis thaliana) SUMO化修饰的关键通路实现对底物蛋白的SUMO化修饰, 结果可通过免疫印迹进行检测。该系统可以简化植物蛋白质SUMO化修饰的检测流程, 为植物细胞SUMO化修饰的功能研究提供了有力工具。

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