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黑涩楠叶绿体全基因组的结构和比较分析及系统进化推断
植物学报
2025, 60 (4):
573-585.
DOI: 10.11983/CBB24146
黑涩楠(Aronia melanocarpa)因其观赏价值和经济价值而闻名, 但其与其它蔷薇科植物的系统进化关系仍不明确。该研究对黑涩楠叶绿体(cp)基因组进行测序, 并与13个蔷薇科物种的叶绿体基因组进行比较分析。结果表明, 黑涩楠的cp基因组大小为159 772 bp, 呈典型的四分结构; 其中大单拷贝区(LSC)长度为87 810 bp, 小单拷贝区(SSC)长度为19 200 bp, 中间含有2个26 381 bp的反向重复区(IRa和IRb)。共注释到132个基因, 包括87个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA。还检测到76个简单重复序列(SSR)和50个长重复序列。系统进化分析表明, 黑涩楠与红涩楠(A. arbutifolia)的亲缘关系最近, 与榅桲(Cydonia oblonga)是姊妹支系。该研究提供的基因组信息将为后续的系统进化和种群遗传分析以及分子育种提供理论支持。
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图4
利用完整的叶绿体基因组对60个蔷薇科物种进行系统进化分析
左侧为利用iQTree构建的系统发育树, 节点上方的数字为自展支持率; 右侧为利用FastTree构建的系统发育树, 节点上方的数字为SH-like local支持率。
正文中引用本图/表的段落
使用MAFFT软件对蔷薇科36属60种植物的完整cp基因组序列进行比对。基于最大似然法(ML)并分别使用iQTree和FastTree软件构建系统进化树。在系统进化分析中, 将暹罗桑、裂叶蒙桑、枣和滇刺枣作为外类群。系统进化树显示, 黑涩楠和红涩楠为姐妹群,支持率为100% (图4)。虽然系统进化分析表明榅桲与涩楠属聚类, 但是支持率仅为36%。此外, 苹果属(Malus)、落叶石楠属、驱疝木属(Torminalis)、涩石楠属、榅桲属(Cydonia)、木瓜属(Chaenomeles)、小石积属(Osteomeles)和金绒梨属(Phippsiomeles)被聚到同一分支中, 支持率较高。
本文的其它图/表
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