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黑涩楠叶绿体全基因组的结构和比较分析及系统进化推断
植物学报
2025, 60 (4):
573-585.
DOI: 10.11983/CBB24146
黑涩楠(Aronia melanocarpa)因其观赏价值和经济价值而闻名, 但其与其它蔷薇科植物的系统进化关系仍不明确。该研究对黑涩楠叶绿体(cp)基因组进行测序, 并与13个蔷薇科物种的叶绿体基因组进行比较分析。结果表明, 黑涩楠的cp基因组大小为159 772 bp, 呈典型的四分结构; 其中大单拷贝区(LSC)长度为87 810 bp, 小单拷贝区(SSC)长度为19 200 bp, 中间含有2个26 381 bp的反向重复区(IRa和IRb)。共注释到132个基因, 包括87个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA。还检测到76个简单重复序列(SSR)和50个长重复序列。系统进化分析表明, 黑涩楠与红涩楠(A. arbutifolia)的亲缘关系最近, 与榅桲(Cydonia oblonga)是姊妹支系。该研究提供的基因组信息将为后续的系统进化和种群遗传分析以及分子育种提供理论支持。
表3
黑涩楠叶绿体基因组中简单重复序列(SSR)的鉴定频率
正文中引用本图/表的段落
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
简单重复序列(SSR)通常由1-6个核苷酸重复单元组成(Liu et al., 2018)。SSR具有多种多态性, 因此可作为确定植物分类地位和系统进化关系的有效分子标记(Fu et al., 2016)。本研究在黑涩楠cp基因组中检测到76个SSRs。大部分已鉴定的SSR为单核苷酸SSR (57个, 占85.07%), 其中单核苷酸T的频率最高, 其次是单核苷酸A和C (表3)。然而, 除3个二核苷酸(4.47%)和7个复合SSR (0.44%)外, 在黑涩楠cp基因组中未发现其它多核苷酸SSR (附表2)。SSR主要分布在LSC区(60个, 78.94%), 其次是SSC区(12个, 15.79%)和IR区(4个, 5.97%)。基因间空间包含了大部分SSR (58个, 76.32%), 而编码序列中仅检测到18个SSRs, 分别是matK、rps16、trnG-GCC、atpF、rpoC2、rpoB、atpB、clpP、rpl16、ndhA和ycf1 (附表2)。此外, rps16、trnG-GCC、clpP、rpl16、ndhA和ycf1比其它基因含有更多SSR位点。这些SSR可作为分子标记用于分析涩楠属种间的遗传变异。
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