植物学报 ›› 2017, Vol. 52 ›› Issue (1): 1-3.doi: 10.11983/CBB16205

所属专题: 水稻生物学专辑

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中国科学家绘制籼稻高质量参考基因组序列图谱

黄学辉*   

  1. 中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所, 上海 200233
  • 收稿日期:2016-10-28 接受日期:2016-11-14 出版日期:2017-01-01 发布日期:2017-01-23
  • 通讯作者: 黄学辉
  • 作者简介:# 共同第一作者
  • 基金资助:
    中国科学院战略性先导专项(No;XDA08010400)和科技部973项目(No.2015CB150106)

Chinese Scientist Generated High-quality Genome Sequences for indica Rice*

Xuehui Huang*   

  1. Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences,Shanghai 200233, China
  • Received:2016-10-28 Accepted:2016-11-14 Online:2017-01-01 Published:2017-01-23
  • Contact: Huang Xuehui
  • About author:# Co-first authors

摘要:

2005年多国合作的国际水稻(Oryza sativa)基因组测序项目绘制了粳稻(O. sativa subsp. japonica)品种日本晴的参考基因组序列。最近, 中国科学家发布了2个籼稻(O. sativa subsp. indica)品种(明恢63和珍汕97)的高质量参考基因组序列, 为籼稻的功能基因组学研究和分子育种应用提供了便利。

关键词: 籼稻, 基因组, 遗传多样性, 杂种优势

Abstract:

In 2005, the International Rice Genome Sequencing Project conducted by a multi-country consortium of research institutes, has published the reference genome sequence of Oryza sativa subsp. japonica cv. ‘Nipponbare’. Recently, Chinese scientist generated high-quality genome sequences of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63, which will have important implications for functional genomics studies and molecular breeding in indica rice.

Key words: indica rice, genome, genetic diversity, heterosis

[1] International Rice Genome Sequencing Project (2005). The map-based sequence of the rice genome.Nature 436, 793-800.
[2] Schmutz J, Cannon SB, Schlueter J, Ma JX, Mitros T, Nelson W, Hyten DL, Song QJ, Thelen JJ, Cheng JL, Xu D, Hellsten U, May GD, Yu Y, Sakurai T, Umezawa T, Bhattacharyya MK, Sandhu D, Valliyodan B, Lindquist E, Peto M, Grant D, Shu SQ, Goodstein D, Barry K, Futrell-Griggs M, Abernathy B, Du JC, Tian ZX, Zhu LC, Gill N, Joshi T, Libault M, Sethuraman A, Zhang XC, Shinozaki K, Nguyen HT, Wing RA, Cregan P, Specht J, Grimwood J, Rokhsar D, Stacey G, Shoemaker RC, Jackson SA (2010). Genome sequence of the palaeopolyploid soybean.Nature 463, 178-183.
[3] Schnable PS, Ware D, Fulton RS, Stein JC, Wei FS, Pasternak S, Liang CZ, Zhang JW, Fulton L, Graves TA, Minx P, Reily AD, Courtney L, Kruchowski SS, Tomlinson C, Strong C, Delehaunty K, Fronick C, Courtney B, Rock SM, Belter E, Du FY, Kim K, Abbott RM, Cotton M, Levy A, Marchetto P, Ochoa K, Jackson SM, Gillam B, Chen WZ, Yan L, Higginbotham J, Cardenas M, Waligorski J, Applebaum E, Phelps L, Falcone J, Kanchi K, Thane T, Scimone A, Thane N, Henke J, Wang T, Ruppert J, Shah N, Rotter K, Hodges J, Ingenthron E, Cordes M, Kohlberg S, Sgro J, Delgado B, Mead K, Chinwalla A, Leonard S, Crouse K, Collura K, Kudrna D, Currie J, He RF, Angelova A, Rajasekar S, Mueller T, Lomeli R, Scara G, Ko A, Delaney K, Wissotski M, Lopez G, Campos D, Braidotti M, Ashley E, Golser W, Kim H, Lee S, Lin JK, Dujmic Z, Kim W, Talag J, Zuccolo A, Fan C, Sebastian A, Kramer M, Spiegel L, Nascimento L, Zutavern T, Miller B, Ambroise C, Muller S, Spooner W, Narechania A, Ren LY, Wei S, Kumari S, Faga B, Levy MJ, McMahan L, Van Buren P, Vaughn MW, Ying K, Yeh CT, Emrich SJ, Jia Y, Kalyanaraman A, Hsia AP, Barbazuk WB, Baucom RS, Brutnell TP, Carpita NC, Chaparro C, Chia JM, Deragon JM, Estill JC, Fu Y, Jeddeloh JA, Han YJ, Lee H, Li PH, Lisch DR, Liu SZ, Liu ZJ, Nagel DH, McCann MC, SanMiguel P, Myers AM, Nettleton D, Nguyen J, Penning BW, Ponnala L, Schneider KL, Schwartz DC, Sharma A, Soderlund C, Springer NM, Sun Q, Wang H, Waterman M, Westerman R, Wolfgruber TK, Yang LX, Yu Y, Zhang LF, Zhou SG, Zhu Q, Bennetzen JL, Dawe RK, Jiang JM, Jiang N, Presting GG, Wessler SR, Aluru S, Martienssen RA, Clifton SW, McCombie WR, Wing RA, Wilson RK (2009). The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics. Sci- ence 326, 1112-1115.
[4] Xue WY, Xing YZ, Weng XY, Zhao Y, Tang WJ, Wang L, Zhou HJ, Yu SB, Xu CG, Li XH, Zhang QF (2008). Natural variation in Ghd7 is an important regulator of heading date and yield potential in rice.Nat Genet 40, 761-767.
[5] Zhang JW, Chen LL, Xing F, Kudrna DA, Yao W, Copetti D, Mu T, Li WM, Song JM, Xie WB, Lee S, Talag J, Shao L, An Y, Zhang CL, Ouyang YD, Sun S, Jiao WB, Lü F, Du BG, Luo MZ, Maldonado CE, Goicoechea JL, Xiong LZ, Wu CY, Xing YZ, Zhou DX, Yu SB, Zhao Y, Wang GW, Yu YS, Luo YJ, Zhou ZW, Hurtado BEP, Danowitz A, Wing RA, Zhang QF (2016). Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63.Proc Natl Acad Sci USA 113, E5163-E5171.
[1] 何杰丽 石甜甜 陈凌 王海岗 乔治军 王瑞云. 糜子EST-SSR的开发及种质资源遗传多样性分析[J]. 植物学报, 2019, 54(5): 0-0.
[2] 许亚昆, 马越, 胡小茜, 王军. 基于三代测序技术的微生物组学研究进展[J]. 生物多样性, 2019, 27(5): 534-542.
[3] 陈志祥, 姚雪莹, Stephen R.Downie, 王奇志. 直刺变豆菜叶绿体全基因组及其特征[J]. 生物多样性, 2019, 27(4): 366-372.
[4] 张亚红, 贾会霞, 王志彬, 孙佩, 曹德美, 胡建军. 滇杨种群遗传多样性与遗传结构[J]. 生物多样性, 2019, 27(4): 355-365.
[5] 苏钺凯,邱镜仁,张晗,宋振巧,王建华. CRISPR/Cas9系统在植物基因组编辑中技术改进与创新的研究进展[J]. 植物学报, 2019, 54(3): 385-395.
[6] 谢立峰, 李宁, 李烨, 姚明华. 茄子种质遗传多样性及群体结构的SRAP分析[J]. 植物学报, 2019, 54(1): 58-63.
[7] 薛治慧, 种康. 中国科学家在杂种F1克隆繁殖研究领域取得突破性进展[J]. 植物学报, 2019, 54(1): 1-3.
[8] 于少帅, 林彩丽, 王圣洁, 张文鑫, 田国忠. 植原体tuf基因与其上游部分基因结构和相关基因启动子保守区域特征及活性分析[J]. 生物多样性, 2018, 26(7): 738-748.
[9] 郎丹丹, 唐敏, 周欣. 传粉网络构建的定性定量分子研究: 应用与展望[J]. 生物多样性, 2018, 26(5): 445-456.
[10] 张文驹, 戎俊, 韦朝领, 高连明, 陈家宽. 栽培茶树的驯化起源与传播[J]. 生物多样性, 2018, 26(4): 357-372.
[11] 秦声远, 戎俊, 张文驹, 陈家宽. 油茶栽培历史与长江流域油茶遗传资源[J]. 生物多样性, 2018, 26(4): 384-395.
[12] 任梦云, 杜乐山, 陈彦君, 张盾, 沈奇, 关潇, 张银东. 锁阳ITS序列遗传多样性分析[J]. 植物学报, 2018, 53(3): 313-321.
[13] 彭献军, 沈世华. 构树: 一种新型木本模式植物[J]. 植物学报, 2018, 53(3): 372-381.
[14] 黄勋和, 余哲琪, 翁茁先, 何丹林, 易振华, 李威娜, 陈洁波, 张细权, 杜炳旺, 钟福生. 广东省地方鸡线粒体遗传多样性与母系起源[J]. 生物多样性, 2018, 26(3): 238-247.
[15] 武星彤, 陈璐, 王敏求, 张原, 林雪莹, 李鑫玉, 周宏, 文亚峰. 丹霞梧桐群体遗传结构及其遗传分化[J]. 生物多样性, 2018, 26(11): 1168-1179.
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[1] 何新华. 植物中的铁索营养[J]. 植物学报, 1992, 9(04): 24 -28 .
[2] 张辉 汤文开 谭新 龚路路 李学宝. 棉纤维发育及其相关基因表达调控研究进展[J]. 植物学报, 2007, 24(02): 127 -133 .
[3] 刘家熙 李学东. 北京蹄盖蕨科孢于形态的研究I.冷蕨属、羽节蕨属、短肠蕨属[J]. 植物学报, 1997, 14(04): 38 -41 .
[4] 张福仁 莫日根. 扫描电镜观察花粉断面结构的简易技术[J]. 植物学报, 1992, 9(03): 63 -64 .
[5] 母锡金 王伏雄 梁铁兵. 草地早熟禾的多胚现象[J]. 植物学报, 1994, 11(专辑): 68 .
[6] 傅林谦. 草原生态系统磷素循环的研究[J]. 植物学报, 1993, 10(04): 27 -31 .
[7] 黄建辉 韩兴国. 森林生态系统的生物地球化学循环:理论和方法[J]. 植物学报, 1995, 12(专辑2): 195 -223 .
[8] 陈宝理 金晓萍 张起麟. 绒毡层及小孢子发育研究的扫描电镜样品制备[J]. 植物学报, 1989, 6(02): 124 -126 .
[9] 龙鸿. 毛盘鹅观草和五龙山鹅观草叶片表皮细胞微形态研究[J]. 植物学报, 1994, 11(专辑): 15 .
[10] 沈颂东 李毅 张小红. 用水解压片法研究青海马先蒿的原胚发育过程[J]. 植物学报, 1996, 13(01): 56 -57 .