火龙果茎基因组DNA提取方法改良
收稿日期: 2018-06-11
录用日期: 2018-10-14
网络出版日期: 2018-12-07
基金资助
中国科学院A类战略性先导科技专项(XDA13020500和广州市科技计划No.201804010409)
Improvement in Extraction Methods of Genomic DNA from Pitaya Stems
Received date: 2018-06-11
Accepted date: 2018-10-14
Online published: 2018-12-07
火龙果(Hylocereus undulatus)是近年发展起来的一种新兴热带水果, 其茎富含多糖、多酚及其它次生代谢物, 黏性极大, 很难从中提取高质量的DNA。特别是一年生以上的老茎, 目前尚未有较好的DNA提取方法。为了解决这一难题, 该研究对CTAB+Tris-HCl洗涤法进行了3种方式的改良。结果表明, “改进三”方法可不受取样时期和取样部位的限制, 从一年生以上火龙果茎中提取的DNA质量最好且不含黏性物质, 可用于酶切与分子标记等生化和分子生物学实验。该研究探索了一条较为理想的火龙果茎DNA提取方法, 值得推广应用。
关键词： 火龙果; 茎; DNA提取; 改进CTAB+Tris-HCl洗涤法
农全东,张明永,张美,简曙光,陆宏芳,夏快飞,文和明 . 火龙果茎基因组DNA提取方法改良[J]. 植物学报, 2019 , 54(3) : 371 -377 . DOI: 10.11983/CBB18134
Pitaya (Hylocereus undulatus) is a tropical fruit developed in recent years. Because its stem is full of polysaccharides, polyphenols and other secondary metabolites, extracting high-quality DNA from the stem is difficult, especially from stems more than 1 year old. At present, there is no good method for DNA extraction. We examined three methods to improve DNA extraction based on the CTAB+Tris-HCl washing method for better and easier DNA extraction. The third method obtained the best-quality DNA without sticky substances from pitaya stem more than 1 year old and was not restricted by sampling data and sampling site. The extracted DNA can be used in enzyme digestion and inter-simple sequence repeat amplification experiments. Our study provides an ideal method for extracting DNA from pitaya stem, which is worth popularizing.
Key words： pitaya; stem; DNA extraction; improved CTAB+Tris-HCl washing method
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