技术方法

一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台

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  • 1金陵科技学院园艺学院, 南京 210038
    2南京农业大学园艺学院, 南京 210095
    3南京大学生物化学系, 南京 210093

? 共同第一作者

收稿日期: 2014-06-18

  录用日期: 2014-12-26

  网络出版日期: 2015-04-08

基金资助

国家自然科学基金(No.31171273)和江苏省“江苏省333高层次人才培养工程”(No.BRA2014003)

An Online, Batch, and Real-time Retrieval Platform for Genomic Sequences and Annotation of Horticultural Plants

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  • 1College of Horticulture, Jinling Institute of Technology, Nanjing 210038, China
    2College of Horticulture, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China
    3Department of Biochemistry, Nanjing University, Nanjing 210093, China

? These authors contributed equally to this paper

Received date: 2014-06-18

  Accepted date: 2014-12-26

  Online published: 2015-04-08

摘要

目前, 大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声, 它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究。为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台, 笔者开发了一个称为OBRRP的生物信息学工具。OBRRP具有提取葡萄(Vitis vinifera)、桃(Prunus persica)、草莓(Fragaria vesca)、黄瓜(Cucumis sativus)、西瓜(Citrullus lanatus)、番茄(Solanum lycopersicum)、甜橙(Citrus sinensis)、苹果(Malus x domestica)、猕猴桃(Actinidia chinensis)、马铃薯(Solanum tuberosum)、香蕉(Musa acuminata)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) 12种植物基因组序列及注释数据的功能; 同时, 也具有扩展到其它Gbrowser浏览器架构的数据库功能。测试结果表明, OBRRP是一个快捷简便的在线、批量和实时提取工具, 其登录地址为http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/。

本文引用格式

张长青, 上官凌飞, 李海玲, 王进 . 一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台[J]. 植物学报, 2015 , 50(3) : 388 -393 . DOI: 10.3724/SP.J.1259.2015.00388

Abstract

The genomes of a large number of horticultural plants have been or are being sequenced. The genomic sequences and annotated data have greatly promoted functional genomics research. To provide a batch-retrieval platform of sub-data for researchers, we developed a bioinformatics tool called Online, Batch, and Real-time Retrieve Platform (OBRRP). The program can be used to retrieve special genomic subsequences or sub-annotations from databases for grape, peach, strawberry, cucumber, watermelon, tomato, orange, apple, kiwifruit, potato, banana, and Arabidopsis. Also, it can be extended to other species by using Gbrowser with its genomic database. OBRRP is a convenient, online, real-time, batch retrieval tool and is available at http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/.

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