重要林木樟科植物全基因组测序研究进展
杨智, 杨永

Research Advances on Nuclear Genomes of Economically Important Trees of Lauraceae
Zhi Yang, Yong Yang
表1 已测序樟科基因组信息
Table 1 Information of sequenced Lauraceae genomes
序号 物种 基因组大小 (Mb) 染色体
数目
(2n)
杂合度 (%) 编码基因数量 染色体挂载率 (%) 组装完
整度 (BUSCO) (%)
注释完
整度(BUSCO) (%)
测序方法 组装
水平
参考文献
1 山苍子(Litsea cubeba) 月桂族(Laureae) 1325.7 24 - 31329 94.6 88.4 89.2 PacBio CLR和Hi-C 染色体 Chen et al., 2020b
2 朝鲜木姜子
(L. coreana)
1139.5 24 1.1 32445 97.1 94.0 - Illumina、PacBio CCS和Hi-C 染色体 Zhang et al., 2022
3 山胡椒(Lindera glauca) 2092.2 24 1.4 65145 94.4 94.2 92.3 Illumina、Nanopor和Hi-C 染色体 Xiong et al., 2022
4 牛樟(Cinnamomum kanehirae=Camphora kanahirae) 樟族(Cinnamomeae) 730.7 24 - 27899 - 89.0 - Illumina、PacBio CLR、‘Chicago’和Hi-C 染色体 Chaw et al., 2019
5 樟(C. camphora=Ca. officinarum) 755.4 24 - 24883 92.4 96.2 - PacBio CCS和Hi-C 染色体 Jiang et al., 2022
6 723.1 24 1.2 36411 97.9 95.2 90.0 Illumina、PacBio CCS和Hi-C 染色体 Wang et al., 2022
7 719.9 24 2.9 28789 99.9 95.3 89.8 Illumina、PacBio CCS和Hi-C 染色体 Sun et al., 2022b
8 785.0 24 - 29919 85.4 95.2 90.8 PacBio CCS和Hi-C 染色体 Shen et al., 2022
9 阴香(C. burmanni) 1177.6 24 0.7 41549 98.8 89.7 - Illumina、PacBio CLR和Hi-C 染色体 Li et al., 2022
10 闽楠(Phoebe bournei) 鳄梨族(Perseeae) 989.2 24 1.5 28198 - 95.0 81.0 PacBio CLR Scaffold Chen et al., 2020a
11 941.8 24 1.4 30096 99.2 92.1 91.7 PacBio CLR、BioNano和Hi-C 染色体 Han et al., 2022
12 鳄梨(Persea americana) 912.6 24 - 24616 46.2 85.0 - PacBio CLR 染色体 Rendón-Anaya et al., 2019
13 913.0 24 - 42769 98.8 98.9 96.6 Illumina和PacBio CCS 染色体 Nath et al., 2022